Pada tahun pelajaran 2016/2017 Kurikulum SMA Santo Paulus Pontianak mengacu kepada dua yaitu Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan (KTSP 2006) untuk kelas XI dan XII sedangkan kelas X memakai kurikuum 2013.

Kurikulum KTSP 2016 Santo Paulus mencakup :

  1. Mata Pelajaran Wajib
  2. Mata Pelajaran Muatan Lokal

Kurikulum 2013 Santo Paulus mencakup :

  1. Mata Pelajaran Jurusan/Progam
  2. Mata Pelajaran Peminatan